Tinker 分子建模与模拟
Tinker 提供分子力学、分子动力学和分子建模功能，尤其面向生物大分子，并支持多种常见参数集及 AMOEBA、AMOEBA+ 和 HIPPO 力场。
Jay Ponder Lab Home Page
Jay Ponder LabJay Ponder 实验室隶属于华盛顿大学圣路易斯分校化学系，主要研究计算化学，尤其关注新模型与算法的开发，以及其在结构生物学和有机化学问题中的应用。实验室同时维护并发布多个分子建模、模拟和结构分析软件包。
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- 实验室介绍的软件项目
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- 公开列出的课程信息
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- 组内研究报告文稿
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- Tinker 支持的可极化力场系列：AMOEBA、AMOEBA+ 与 HIPPO
面向分子科学的计算工具
从分子力学与动力学模拟，到 GPU 加速、可视化、蛋白质设计和 QSAR 分析，实验室公开介绍了多项研究软件及其适用场景。
Tinker-GPU 加速计算
Tinker-GPU 面向 NVIDIA GPU，支持分子动力学、能量最小化、能量分析和 BAR 自由能计算，并通过 CUDA 内核优化计算密集型任务。
Tinker Studio 可视化
Tinker Studio 是 Tinker 的独立分子可视化和图形界面应用，可查看分子系统及 Tinker 文件、启动计算，并监控本地或远程机器上的任务。
Sleuth 结构搜索
Sleuth 可生成 PDB 文件摘要，并在从 PDB 提取的数据集中搜索结构基序；其中还包含 Eisenberg 三维谱算法程序。
ProPak 蛋白质设计建模
ProPak 通过侧链旋转异构体库对蛋白质侧链堆积进行建模，可重新设计已知结构的一部分，并输出与输入三级结构相容的候选氨基酸序列。
QSAR 回归分析
QSAR 支持普通最小二乘、主成分回归和偏最小二乘分析，并提供留一交叉验证、变量选择和独立测试集预测功能。
组内报告与页面更新
页面列出组内研究报告，并标注了实验室主页的最近更新时间。
Host-Guest Ligand Binding Systems
Jay Ponder 的组内报告，页面提供对应的 PDF 文稿入口。
实验室主页最近更新
页面页尾标注 Last Update 为 July 13, 2026，维护者为 Jay Ponder。
课程、软件与研究资料入口
提供软件包、课程信息、组内演示文稿，以及 Jay Ponder 个人主页等公开入口。
从这里开始使用Jay Ponder Lab Home Page。
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